A Fecomerciários foi fundada em 1939, fruto do movimento iniciado dois anos antes por entidades sindicais comerciárias que atuavam nas cidades de São Paulo e Santos. Mas, somente em 1940 adquiriu caráter institucional que permanece até hoje, a partir da fusão com a Federação dos Trabalhadores no Comércio do Estado de São Paulo – criada anteriormente para representar parte da categoria. O ato de fundação contou com a presença de representantes dos Sindicatos de Catanduva, Garça, Marília, Ribeirão Preto, Santos, São Paulo e Campinas. A primeira diretoria foi integrada por Alberto Dias Rebouças, Joaquim Lopes de Mattos, Gastão Massari, Hugo Ramazzini e Alberto Fernandes (Comissão Executiva). Ary Mattos, Mariano de Laert Gomes e Waldemar A. Menezes compunham o Conselho Fiscal. O mandato era de três anos. A Federação teve seu reconhecimento pelo então Ministério do Trabalho, Indústria e Comércio em 1942. A Carta Sindical datada de 7 de novembro daquele ano acrescentou à lista de fundadores os Sindicatos de Marília, São José dos Campos e o Sindicato dos Empregados Vendedores e Viajantes do Comércio no Estado de São Paulo. Em 1948, a Federação passou a integrar as Juntas de Recursos da Previdência Social, os Conselhos do Sesc e Senac, as Juntas de Conciliação e Julgamento da Capital, além de indicar juízes classistas para o Tribunal Regional do Trabalho (TRT).

A Diretoria da Federação é formada atualmente por 16 membros. A entidade tem 71 sindicatos filiados. Desde 2008, é conhecida como Fecomerciários. Em 2015, passou a ser denominada Federação dos Comerciários do Estado de São Paulo, mantendo o logo Fecomerciários. Ao longo das décadas, a Fecomerciários cumpriu com eficiência seu papel de coordenadora dos interesses dos sindicatos filiados e da categoria como um todo. A entidade também teve atuação decisiva na estruturação do movimento sindical comerciário no Estado, estimulando a criação de sindicatos e garantindo suporte material às entidades como maquinário, móveis e utensílios, gabinetes odontológicos, além de aumentar o patrimônio das suas entidades com reformas de sedes, subsedes e construção de novas, mais modernas e com toda a infraestrutura necessária para atender os comerciários com conforto. Seu quadro de funcionários é altamente qualificado. Além disso, a Federação também propicia assistência jurídica e sindical aos comerciários, mantendo sempre viva a luta pelos direitos da categoria e levantando bem alto as bandeiras históricas dos trabalhadores no comércio do Estado de São Paulo. A Fecomerciários é filiada à Confederação Nacional dos Trabalhadores do Comércio (CNTC) e à União Geral dos Trabalhadores (UGT).