A Fecomerciários foi fundada em 1939, resultado de um movimento iniciado dois anos antes por entidades sindicais comerciárias das cidades de São Paulo e Santos. No entanto, foi apenas em 1940 que adquiriu caráter institucional permanente, após a fusão com a Federação dos Trabalhadores no Comércio do Estado de São Paulo, criada anteriormente para representar parte da categoria.
O ato de fundação contou com a presença de representantes dos Sindicatos de Catanduva, Garça, Marília, Ribeirão Preto, Santos, São Paulo e Campinas. A primeira diretoria foi composta por Alberto Dias Rebouças, Joaquim Lopes de Mattos, Gastão Massari, Hugo Ramazzini e Alberto Fernandes (Comissão Executiva). Ary Mattos, Mariano de Laert Gomes e Waldemar A. Menezes formavam o Conselho Fiscal. O mandato era de três anos.
Em 1942, a Federação foi reconhecida pelo então Ministério do Trabalho, Indústria e Comércio. A Carta Sindical datada de 7 de novembro daquele ano incluiu entre os fundadores os Sindicatos de Marília, São José dos Campos e o Sindicato dos Empregados Vendedores e Viajantes do Comércio no Estado de São Paulo.
Em 1948, a Federação passou a integrar as Juntas de Recursos da Previdência Social, os Conselhos do Sesc e Senac, as Juntas de Conciliação e Julgamento da Capital, além de indicar juízes classistas para o Tribunal Regional do Trabalho (TRT).
Na metade da década de 1950, o nome original - Federação dos Sindicatos de Commerciários do Estado de São Paulo - foi alterado para Federação dos Empregados no Comércio do Estado de São Paulo, conhecido pela sigla Fecesp.
Uma alteração estatutária em 1986 expandiu a diretoria para onze membros. Em 1992, uma resolução do Conselho de Representantes redistribuiu as bases sindicais dos filiados, resultando na criação de 24 novos Sindicatos de Comerciários a partir das 41 entidades filiadas na época.
Em 1998, uma nova alteração no estatuto permitiu o aumento do número de diretores. Atualmente, a Diretoria da Federação é composta por 16 membros e a entidade possui 71 sindicatos filiados. Desde 2008, é conhecida como Fecomerciários. Em 2015, adotou oficialmente o nome Federação dos Comerciários do Estado de São Paulo, mantendo o logo Fecomerciários.
Ao longo das décadas, a Fecomerciários tem coordenado eficientemente os interesses dos sindicatos filiados e da categoria como um todo. A entidade teve um papel crucial na estruturação do movimento sindical comerciário no Estado, promovendo a criação de sindicatos e fornecendo suporte material, como maquinário, móveis, utensílios, e gabinetes odontológicos. A Federação também investiu na melhoria e construção de novas sedes, proporcionando infraestrutura moderna e confortável para atender os comerciários. Seu quadro de funcionários é altamente qualificado.
Além disso, a Fecomerciários oferece assistência jurídica e sindical aos comerciários, mantendo viva a luta pelos direitos da categoria e defendendo as bandeiras históricas dos trabalhadores no comércio do Estado de São Paulo.
A Fecomerciários é filiada à Confederação Nacional dos Trabalhadores do Comércio (CNTC) e à União Geral dos Trabalhadores (UGT).